Après avoir enseigné à Strasbourg durant neuf ans où il étudie en parallèle la médecine, il obtient son titre de médecin à Bâle en 1530, quelques années seulement avant sa mort.
Œuvre
Ses ouvrages de botanique constituent un véritable progrès par rapport aux œuvres antérieures. Les illustrations deviennent réalistes et ne sont plus la servile recopie d'œuvres anciennes, les plantes sont figurées d'après modèle et avec leurs défauts comme une feuille en partie dévorée par un insecte. Son Herbarum vivae eicones, qui parait en trois parties (en 1530, en 1532 et en 1536) à Strasbourg, est illustré par Hans Weiditz(en), probablement élève de Dürer. Les plantes sont représentées de façon réaliste, même dans leurs défauts. La première édition traite de 135 espèces, ce chiffre sera augmenté jusqu'à 260 dans les versions ultérieures. Le texte est inspiré de Dioscoride.
L'intérêt et la justesse des illustrations sont meilleurs que le texte. Brunfels, qui s'appuie sur le savoir des auteurs italiens, ne comprend pas la question de la répartition géographique des espèces : ainsi, il essaye de retrouver les plantes méditerranéennes décrites par Dioscoride dans la région strasbourgeoise.
Il est également l'auteur de nombreuses œuvres théologiques.