Après avoir servi dans l'armée milanaise, il commence des études de médecine à Padoue en 1574 et obtient son titre de docteur en 1578. Il exerce à Camposampiero, une petite ville de la province de Padoue, mais son goût pour la botanique, notamment pour les plantes exotiques, le conduit à partir en Égypte en 1580 à titre de médecin personnel du consul vénitien au Caire, Giorgio Emo.
Il passe trois années en Égypte. De l'observation de la culture des palmiers-dattiers, il déduit que les végétaux comprennent deux sexes. Il dit que « les palmiers-dattiers femelles ne portent pas de fruits si leurs branches ne sont pas au contact avec celles des mâles ; ou, d'une façon plus générale, si les fleurs femelles ne sont pas saupoudrées de pollen des fleurs mâles ou mises en contact avec elles ».
De retour en Italie, il demeure à Gênes et est le médecin de Giovanni Andrea Doria. En 1593, il devient professeur de botanique à Padoue, et le restera jusqu'à sa mort, vingt-quatre ans après. Signe de l'appréciation qu'on a pour lui, ses émoluments sont augmentés à plusieurs reprises. Giacomo Antonio Cortuso étant mort, il lui succède en 1603 à la direction du jardin botanique de la ville. Il meurt à Padoue ; sa tombe est dans la basilique Saint-Antoine.
Son fils, Alpino Alpini (mort en 1637), lui succède à la chaire de botanique de Padoue.
L'ouvrage le plus connu d'Alpini est De Plantis Ægypti (Venise, 1592). Dans De Medicina Egyptiorum (Venise, 1591), il est le premier Européen à décrire le caféier. Il décrit le baobab longtemps avant Michel Adanson.
Date de dernière mise à jour : 15/11/2022
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