Filobasidiales
Les Filobasidiales sont un ordre de champignons de la classe des Tremellomycètes. Le seul genre de l'ordre est Filobasidium qui comprend quatre espèces. Ils se distinguent des autres espèces de trémélomycètes par l'absence de basidiocarpe macroscopique et en étant des levures comme les autres membres de la classe. Une espèce de l'ordre semble présenter un intérêt pour les applications biotechnologiques. Filobasidium floriforme montre une capacité à produire des lipases qui pourraient être utilisées dans la production de biocarburants.
Les deux premiers génomes mitochondriaux pour l'ordre des Filobasidiales révèlent de nouveaux réarrangements géniques et la dynamique intronique de Tremellomycetes.
Dans la présente étude, deux mitogènes du genre Filobasidium ont été assemblés et comparés à d'autres mitogènes de Tremellomycetes. Les mitogènes de F. wieringae et F. globisporum comprenaient tous deux des molécules d'ADN circulaire, avec des tailles de 27 861 pb et 71 783 pb, respectivement. L'analyse miténégénique comparative a révélé que le contenu génétique, les ARNt et les utilisations des codons des deux espèces de Filobasidium différaient considérablement. La taille des deux microgénomes de Filobasidium variait considérablement, les introns étant le principal facteur contribuant à l'expansion du mitogenome chez F. globisporum. Une sélection positive a été observée dans plusieurs gènes codant pour les protéines (PCG) dans les espèces d'Agaricomycotina, Pucciniomycotina et Ustilaginomycotina, y compris les gènes cob, cox2, nad2 et rps3. Des événements fréquents de perte/gain ont été détectés chez les intrones se sont produits au cours de l'évolution des trunellomycètes mitogènes, et les mitogènes de 17 espèces d'Agaricotina, de Pucciniomycotina et d'Ustilagotabinomycotina ont subi des réarrangements géniques à grande échelle. Les analyses phylogénétiques basées sur l'inférence bayésienne et les méthodes de maximum de probabilité utilisant un ensemble de gènes mitochondriaux combinés ont généré des arbres phylogénétiques identiques et bien soutenus, dans lesquels les espèces de Filobasidium avaient des relations étroites avec des espèces de Trichosporonales. Cette étude, qui est le premier rapport sur les mitogènes de l'ordre des Filobasidiales, fournit une base pour comprendre la génomique, l'évolution et la taxonomie de cet important groupe fongique.
