Bacteroidota.

Bacteroidota

Bacteroidota = phylum (anciennement appelé Bacteroidetes). C’est un grand groupe de bactéries Gram négatives, anaérobies ou aérotolérantes, très abondantes dans les sols, les milieux aquatiques et les microbiotes animaux.

Les Bacteroidota (anc. Bacteroidetes) sont un phylum du règne des Pseudomonadati au sein du domaine Bacteria. Son nom provient de Bacteroides qui est le genre type de ce phylum.

Ces bactéries sont largement répandues dans l'environnement, notamment dans le sol, dans les sédiments, l'eau de mer et dans les intestins d'animaux.

Bacteroidota

B. fragilis (ici observées au microscope optique après coloration de Gram) est une espèce du phylum des Bacteroidota

Phylum

Bacteroidota
Krieg et al. 2021

Synonymes

• Bacteroidota Whitman et al. 2018
• Bacteroidaeota Oren et al. 2015
• Bacteroidetes Krieg et al. 2010

Introduction

De loin, la classe des Bacteroidales est l'une des plus étudiées, notamment les genres Bacteroides (organismes abondants dans les selles des animaux à sang chaud, dont les humains) et Porphyromonas (un groupe d'organismes vivant dans la cavité buccale de l'Homme)^{[réf. nécessaire]}.

Les membres du genre Bacteroides sont des agents pathogènes opportunistes, rarement membres des deux autres classes de pathogènes pour l'Homme.

Le chercheur Jeffrey Gordon et ses collègues ont constaté que la flore intestinale des humains obèses possède un pourcentage plus faible de bactéries du phylum Bacteroidetes. Toutefois, ils ne savent pas si les Bacteroidetes peuvent prévenir l'obésité ou si cette flore intestinale n'est pas simplement préférée par l'intestin chez les personnes non obèses.

Rang taxonomique de Bacteroidota

Conclusion : Bacteroidota est un phylum, au même rang que Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria, etc.

Description scientifique complète de Bacteroidota

1️⃣ Nature générale

Les Bacteroidota sont des bactéries :

• Gram négatives,
• Non sporulées,
• Souvent anaérobies strictes (surtout dans la classe Bacteroidia),
• À métabolisme saccharolytique (dégradation des polysaccharides complexes),
• Très abondantes dans les écosystèmes riches en matière organique.

Elles jouent un rôle majeur dans la décomposition et la minéralisation.

2️⃣ Les classes principales (sous‑groupes du phylum)

Bacteroidia

• Anaérobies stricts, très abondantes dans le microbiote intestinal des mammifères.
• Exemples : Bacteroides, Prevotella.
• Rôles : digestion des polysaccharides, santé intestinale.

Flavobacteriia

• Aérotolérantes, souvent présentes dans les milieux aquatiques.
• Exemples : Flavobacterium, Chryseobacterium.
• Rôles : dégradation de la matière organique, parfois pathogènes de poissons.

Sphingobacteriia

• Présentes dans les sols, riches en sphingolipides.
• Exemples : Sphingobacterium.
• Rôles : décomposition de biomasse végétale.

Cytophagia

• Bactéries glissantes, spécialisées dans la dégradation de cellulose et chitine.
• Exemples : Cytophaga.
• Rôles : décomposition de tissus végétaux et fongiques.

3️⃣ Importance écologique

Les Bacteroidota sont essentiels dans :

• La dégradation de la matière organique (cellulose, hémicellulose, chitine),
• Les cycles du carbone,
• Les écosystèmes aquatiques (Flavobacteriia),
• Les sols forestiers (Cytophagia, Sphingobacteriia),
• Le microbiote intestinal (Bacteroidia).

Ils sont parmi les bactéries les plus abondantes dans les environnements riches en biomasse.

4️⃣ Importance médicale et vétérinaire

Certaines espèces sont impliquées dans :

• Infections opportunistes (Bacteroides fragilis),
• Maladies des poissons (Flavobacterium psychrophilum → maladie du columnaris).

Résumé clair

• Bacteroidota = phylum du domaine Bacteria.
• Ancien nom : Bacteroidetes.
• Regroupe des Gram négatives non sporulées.
• Comprend 4 classes majeures.
• Rôle central dans la décomposition, les écosystèmes aquatiques, et le microbiote intestinal.

Taxonomie

Le nom correct complet (avec auteur) de ce taxon est Bacteroidota Krieg et al. 2021^[5].

Le genre type est Bacteroides Castellani & Chalmers 1919^[5].

Étymologie

L'étymologie du nom du phylum Bacteroidota est la suivante : Bac.te.ro.i.do’ta N.L. masc. n. Bacteroides, genre type du phylum ; N.L. neut. pl. n. suff. -ota, suffixe pour désigner un phylum ; N.L. neut. pl. n. Bacteroidota, le phylum des Bacteroides.

Nomenclature

Ce phylum est proposé dès 2010 par N.R. Krieg et al. dans la deuxième édition de Bergey's Manual of Systematic Bacteriology sous le nom de « Bacteroidetes ». Ce n'est qu'en 2021 qu'il est publié de manière valide par Oren et Garrity après un renommage conforme au code de nomenclature bactérienne (le nom du phylum devant être dérivé de celui de son genre type, en l'occurrence Bacteroides, par adjonction du suffixe -ota conformément à une décision de l'ICSP en 2021).

Synonymie

Le phylum Bacteroidota a pour synonymes :

• Bacteroidaeota Oren et al. 2015
• Bacteroidetes Krieg et al. 2010
• Bacteroidota Whitman et al. 2018