Chloroflexi.

Chloroflexi

Les Chloroflexia (les Chloroflexes) sont une classe de bactéries filamenteuses photosynthétiques à Gram négatif de l'embranchement des Chloroflexota. Son nom provient de Chloroflexales qui est l'ordre type de cette classe.

Ils constituent l'essentiel des phototrophes anoxygeniques filamenteux (anciennement connus sous le nom des bactéries vertes non sulfureuses), même si certains sont classés séparément comme les Thermomicrobiota. Ils sont nommés ainsi pour leur pigment vert, le plus souvent trouvé dans les organites photosynthétiques appelés chlorosomes.

Les chloroflexes sont généralement filamenteux. Ils sont facultativement aérobies, mais ne produisent pas de dioxygène lors de la photosynthèse, contrairement par exemple aux cyanobactéries dont ils sont phylogénétiquement très éloignés. Ils ne peuvent pas non plus fixer biologiquement le dioxyde de carbone, ils sont donc photohétérotrophes. (À l’exception de Chloroflexus aurantiacus qui possède la voie métabolique du 3-Hydroxyproniate bi-cycle permettant la fixation du carbone inorganique en carbone organique).

La taxonomie bactérienne utilise une série de rangs du plus large au plus spécifique. Voici la hiérarchie complète, avec tous les rangs possibles, y compris ceux qui sont optionnels.

1. Domaine

Bacteria → Niveau le plus élevé pour les procaryotes non archéens.

2. Règne (optionnel, utilisé par GTDB)

Ex. Bacillati, Gracilicutes, Actinomycetota, etc.

3. Phylum

Ex. Actinomycetota, Pseudomonadota, Chloroflexota, Myxococcota, Firmicutes/Bacillota, Bacteroidota, etc.

4. Classe

Ex. Actinomycetes, Gammaproteobacteria, Alphaproteobacteria, Bacilli, Clostridia, Rubrobacteria, Chloroflexia, etc.

5. Ordre

Ex. Enterobacterales, Xanthomonadales, Myxococcales, Streptomycetales, Micrococcales, Bacillales, Clostridiales, etc.

6. Sous‑ordre (optionnel, présent dans certains phyla)

Ex.

• Cystobacterineae (Myxococcales)
• Rubrobacterineae (Rubrobacterales)
• Micrococcineae, Streptomycineae, Corynebacterineae (Actinomycetota)
• Spirochaetineae, Leptospirineae (Spirochaetota)

7. Famille

Ex. Enterobacteriaceae, Pectobacteriaceae, Xanthomonadaceae, Streptomycetaceae, Clavibacteraceae, Rubrobacteraceae, etc.

8. Sous‑famille (rare)

Ex. Streptomycetoideae (selon certaines classifications)

9. Tribu (rare)

Ex. Streptomyceteae

10. Genre

Ex. Pectobacterium, Dickeya, Clavibacter, Streptomyces, Rubrobacter, Myxococcus, Xanthomonas, Leptospira, etc.

11. Sous‑genre (rare)

Ex. utilisé dans quelques groupes pathogènes ou médicaux.

12. Espèce

Ex. Pectobacterium atrosepticum, Dickeya dianthicola, Clavibacter michiganensis, Streptomyces scabies, Rubrobacter radiotolerans, etc.

13. Sous‑espèce (fréquent)

Ex. Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus

14. Variété (rare, non obligatoire)

Ex. utilisé dans quelques groupes agricoles.

15. Pathovar (non taxonomique, mais essentiel en phytopathologie)

Ex. Xanthomonas arboricola pv. pruni → Désigne une spécificité d’hôte, pas un rang taxonomique.

16. Race (non taxonomique)

Ex. Puccinia graminis race Ug99 (champignons, mais concept similaire chez les bactéries)

Synthèse ultra‑claire

Les rangs sous‑ordre, tribu, sous‑famille sont très utilisés dans :

• Actinomycetota (Micrococcineae, Corynebacterineae, Streptomycineae)
• Myxococcota (Cystobacterineae, Sorangineae)
• Spirochaetota (Leptospirineae, Spirochaetineae)

Ils sont absents dans :

• Enterobacterales (Pectobacterium, Dickeya)
• Xanthomonadales (Xanthomonas)
• Rhizobiales, Pseudomonadales, etc.