Ils appartiennent à un groupe morpholigique appelé « hyphomycetes aquatiques » qui sont des champignons qui poussent sur la matière végétale décomposée immergée, mais ils se trouvent également sous forme de mycoparasites et d'endophytes. Il ne s'agit que d'un groupe descriptif informel qui est divisé phylogénétiquement entre les types asco (la grande majorité) et les types basidio (un petit pourcentage d'hyphomyestes). Les classiques-ctulomycètes appartiennent à la minorité de basidiomycètes.